Neste local existiu um agregado populacional dedicado à pesca e ao fabrico e exportação de conservas de peixe (garum) ativo desde o século I até o século VI é provável que a península onde se localizava o povoado fosse naquela época uma ilha que alguns identificam como a ilha de Ácala referida na obra Ora Maritima de Avieno um escritor latino do século IV, mas não existem dados arqueológicos que o comprovem foi parte do território da cidade de Salacia (atual Alcácer do Sal).
No século XVI, os humanistas Gaspar Barreiros e André de Resende referem-se às ruínas, mas parecem tê-las confundido com Cetóbriga (Setúbal), Vários autores as mencionam nos séculos seguintes, e na segunda metade do século XVIII foram realizadas as primeiras escavações arqueológicas conhecidas, patrocinadas pela infanta (e futura rainha) Dona Maria I, nestes trabalhos foram escavadas umas casas romanas na zona hoje chamada "Rua das Casas da Princesa" em homenagem à infanta.
No ano de 1850 as escavações ganharam novo ímpeto com a criação da Sociedade Arqueológica Lusitana que realizou trabalhos nas "Casas da Princesa" onde encontraram paredes com pinturas e pisos com mosaicos entretanto desaparecidos, recentemente foram levadas a cabo várias campanhas nas quais foram escavados os banhos, as casas de salga, as necrópoles e a basílica paleocristã (1948-1967).
As estruturas mais características de Tróia são as muitas oficinas de salga de peixe, as ruínas abrangem ainda um núcleo habitacional com casas de rés-do-chão, primeiro andar (as chamadas "Casas da Princesa"), várias necrópoles, um columbário, termas, uma roda de água (rota aquaria) e os restos de uma basílica paleocristã.
A atividade industrial de Tróia estava centrada na pesca e fabrico de peixe em conserva que era exportado para o resto do Império Romano e esteve ativo entre os séculos I e VI dC.
A localização numa ilha, a abundante pesca, a excelência do sal da região e as ânforas utilizadas como envase eram provenientes de olarias situadas na margem direita do rio Sado como Abul antiga feitoria fenícia.
As oficinas de salga eram constituídas por uma série de tanques (cetárias) organizados ao redor de um pátio central, um total de vinte oficinas foram identificadas,com dimensões variadas: a maior tinha mais de 1000 m2 e agrupava 19 tanques, enquanto que a menor tinha 135 m2 e 9 tanques, e acredita-se que era produzida uma considerável quantidade de peixe para exportação ainda que os volumes sejam hoje desconhecidos.
Os restos das termas, escavados em 195,ocupam uma área de 450 m2 incluíam apoditério (vestíbulo), frigidarium (tanque de água fria), tepidário (água morna), caldário (água quente) com sistema de aquecimento subterrâneo (hipocausto), piscinas diversas e sala de ginástica, numa das piscinas há restos de mosaicos.
