O Museu José Malhoa mostra o maior núcleo reunido de obras do seu patrono, uma coleção de pintura e de escultura dos séculos XIX e XX revelando-se como o museu do naturalismo português.
O espaço foi inicialmente idealizado pelo escritor António Montês com o objectivo de aproximar o pintor José Malhoa da sua terra natal Caldas da Rainha (1926 -1960).
No ano de 1926, o artista ofereceu a pintura a óleo "Rainha D. Leonor" à cidade no ano seguinte instituiu-se a “Liga dos Amigos do Museu José Malhoa” para o qual o artista iria doar mais obras em 1932.
O Museu foi inaugurado a 28 de Abril de 1934 (dia do aniversário de José Malhoa) que havia falecido a 26 de Outubro do ano anterior, o Museu foi provisoriamente instalado na “Casa dos Barcos” no Parque D. Carlos I num edifício cedido pelo Hospital Termal abrindo anualmente ao público entre 28 de Abril e 26 de Outubro.
O projecto definitivo dos arquitectos Paulino Montês (1897-1962) e Eugénio Correia (1897-1985) é concluído em 1937. A 11 de Agosto de 1940, dá-se a inauguração do edifício com festejos provinciais dos Centenários da Fundação e da Restauração de Portugal sendo entregue com todas as colecções à Junta de Província da Estremadura e o nome da instituição foi alterado para "Museu Provincial de José Malhoa".
A Junta de Província da Estremadura foi extinta (1960) sendo a gestão do Museu passado a ser assegurada pela Direcção-Geral do Ensino Superior e das Belas Artes, a instituição passa a designar-se "Museu de José Malhoa".
O património do Museu José Malhoa constitui-se essencialmente através de ofertas por meritória iniciativa dos fundadores em nome da "Liga dos Amigos do Museu" exercem ação determinante para a aquisição de obras de arte orientada para um projeto museológico cujo principal obreiro e grande dinamizador foi António Montês, diretor do Museu até finais de 1966.
No ano de 1983 realizou-se no Museu uma exposição antológica,para assinalar o Cinquentenário da Morte de José Malhoa.
A colecção de António Montês é legada ao Museu segundo o testamento da sua viúva Júlia Paramos Montês (1992), a colecção seria apresentada ao público na exposição "António Montês – Museu de José Malhoa" no centenário do nascimento do fundador da instituição (1996).
O Museu assinala os 150 Anos do Nascimento de José Malhoa e Centenário da Morte de Rafael Bordalo Pinheiro com a exposição “Malhoa e Bordalo: confluências de uma geração” (2005).
O edifício do Museu José Malhoa sofreu diversas obras de remodelação (2006-2008) e reabriu em 19 de Dezembro com uma nova apresentação das colecções e melhorias no acolhimento aos visitantes.
José Malhoa é a figura tutelar do Museu em torno da sua pintura, organizam-se os acervos, distribuídos por seções de pintura, desenho, escultura, medalhística e cerâmica das Caldas (séculos XIX e XX).
A coleção de pintura constitui-se como um acervo de referência do Naturalismo português, José Malhoa como patrono do Museu está representado com o núcleo mais vasto assumindo um lugar de destaque na organização da coleção.
A coleção de pintura permite uma breve alusão aos valores românticos e pré-naturalistas que precedem à época com obras de Miguel ngelo Lupi, Alfredo Keil e Francisco Metrass, detém-se no "Grupo do Leão" e percorre o Naturalismo abordando ainda alguns aspectos do Modernismo das primeiras décadas do século XX.
Os autores representados destacam-se os nomes de Columbano, Silva Porto, Marques de Oliveira, Carlos Reis, Eduardo Viana, Sousa Lopes, Veloso Salgado, Dordio Gomes, Delfim Maya, Abel Manta e outros.
O Museu de José Malhoa é classificado como imóvel de interesse público desde 2002 e com uma localização de excelência no magnífico Parque D. Carlos I, em Caldas da Rainha, o edifício do Museu José Malhoa foi o primeiro a ser projetado para fins museológicos em Portugal.